Unggulan Prodi D3 Gizi Poltekkes Kemenkes Yogyakarta adalah dihasilkannya lulusan yang memiliki keterampilan khusus sebagai penciri unggulan yang membedakannya dengan lulusan dari perguruan tinggi sejenis lainnya yaitu “unggul dalam bidang promosi gizi”. Dengan penambahan beban SKS yang berasal dari kurikulum unggulan Prodi diharapkan lulusan Program Diploma III Gizi Poltekkes Kemenkes Yogyakarta mampu memiliki keterampilan khusus antara lain :

1. Mampu melakukan asuhan gizi klinik dan dietetik untuk pemenuhan kebutuhan gizi individu dan kelompok pada kondisi tidak kompleks dengan menggunakan proses asuhan gizi dan terminologi terstandar sesuai dengan yang ditugaskan.
2. Mampu melaksanakan kegiatan program gizi secara promotif, preventif, kuratif, dan rehabilitatif sesuai dengan prosedur dan mekanisme yang telah ditetapkan pada individu maupun kelompok.
3. Mampu melakukan kegiatan penyelenggaraan makanan pada institusi untuk menyediakan makanan yang sehat dan aman guna pemenuhan kebutuhan gizi dan dietetik pada klien secara mandiri dalam kondisi normal maupun darurat yang meliputi matra darat, laut, dan udara sesuai prosedur tetap yang berlaku.
4. Mampu mengumpulkan data dan mengolah data secara deskriptif pada penelitian dasar dan terapan di bidang gizi dan kesehatan.
5. Mampu melakukan Promosi Gizi Individu dan Komunitas serta sosialisasi program gizi masyarakat dengan metode langsung dan tidak langsung serta menggunakan software gizi dan atau media lokal,dan menunjukkan hasilnya yang bisa diterima sasaran atau stakeholders, sesuai dengan rencana kerja terstruktur dan Standard Operating Procedure (SOP)
6. Mampu melaksanakan kegiatan Keamanan Pangan dengan menerapkan metode Good Manufacturing Practices (GMP), HACCP, Kendali Higiene Sanitasi, secara mandiri dan terampil berdasarkan SOP pada makanan tradisional