Jurusan Gizi merupakan institusi pendidikan gizi yang bernaung di bawah Poltekkes Kemenkes Yogyakarta. Jurusan Gizi mempunyai tugas meningkatkan derajat kesehatan masyarakat melalui pendidikan gizi. Dalam melaksanakan tugasnya, Jurusan Gizi Politeknik Kesehatan Kemenkes Yogyakarta telah mencoba memadukan ilmu dan teknologi berdasarkan kurikulum nasional yang ditetapkan oleh Pusat Pendidikan dan Pelatihan Tenaga Kesehatan BPPSDM Kesehatan Kementerian Kesehatan RI yang dipadukan dengan muatan lokal yang dibuat dengan melibatkan beberapa pengguna lulusan (user).
Jurusan Gizi Poltekkes Kemenkes Yogyakarta saat ini memiliki dua program studi, yaitu Program Studi Diploma III dan Program Studi Diploma IV. Selain memiliki dua program studi, Jurusan Gizi juga didukung oleh ketersediaan aset yang memadai yang terdiri dari sumber daya, sumber dana, sarana prasarana, maupun jumlah mahasiswa yang cukup besar pula.
Jurusan Gizi Poltekkes Kemenkes Yogyakarta pada awalnya berdiri sebagai Akademi Gizi (AKZI) dan sudah mulai menerima mahasiswa sejak tahun1984 (SK Menkes RI No. 50/Menkes/SK/Diklat/IV/1984). Institusi ini berturut-turut mengalami pergantian nama dari Akademi Gizi (tahun 1984 – 1992), Pendidikan Ahli Madya Gizi (tahun 1992 – 1997), kembali menjadi Akademi Gizi (tahun 1998 – 2001), dan mulai tahun 2001 hingga sekarang menjadi Jurusan Gizi Poltekkes Kemenkes Yogyakarta seiring dengan meleburnya semua akademi kesehatan milik Departemen Kesehatan saat itu (SK Menkes – Kessos No. 298/Menkes-Kessos/SK/IV/2001 tanggal 16 April 2001).
Jurusan Gizi mulai meluluskan tenaga Ahli Madya Gizi sejak tahun 1987. Lulusan yang dihasilkan telah bekerja di seluruh Indonesia. Para lulusan Diploma III yang telah berkarya sejak lama memerlukan pendidikan lanjut untuk meningkatkan jenjang karirnya. Mengakomodir permintaan pendidikan lanjut tersebut, sejak tahun 2005 Jurusan Gizi mulai melaksanakan Program Studi D IV satu tahun yang mendidik para lulusan D III Gizi. Mulai tahun 2013 (Tahun Akademik 2013/2014), Jurusan Gizi telah mulai menerima mahasiswa Program Studi D IV yang berdasar pendidikan SMA.
Tahun 2018, Jurusan Gizi Poltekkes Kemenkes Yogyakarta melakukan upaya-upaya pengembangan keilmuan melalui pengembangan prodi baru yaitu Prodi Pendidikan Profesi Dietisien. Prodi ini berdiri berdasarkan Surat Keputusan Kemenristekdikti No 555/KPT/I/2018, tanggal 6 Juli 2018. Prodi pendidikan profesi dietisien Poltekkes Kemenkes Yogyakarta adalah salah satu program studi unggulan di Poltekkes Kemenkes Yogyakarta.. Prodi ini telah menerima mahasiswa baru mulai T.A. 2018/2019